V současné době Státní okresní archiv Prostějov pečuje o 1679 fondů o celkovém rozsahu téměř 2 950 bm, nejstarší písemnost pochází z roku 1357 . V archivu jsou uloženy dokumenty vzniklé z činnosti původců působících v územním rozsahu okresu Prostějov. Mezi nejvíce frekventované patří fond Archiv města Prostějov, archivy jednotlivých obcí a místních národních výborů. Mimořádný význam mají i fondy Okresní úřad Prostějov a Okresní národní výbor Prostějov.

K nejcennějším dokumentům prostějovského archivu patří listina Petra z Kravař z roku 1406, městská kniha založená roku 1392, letopisy městského písaře Bělkovského z Ronšova vzniklé ve druhé polovině 17. století. Významné jsou i osobní fondy, zejména osobní fond MUDr. Ondřeje Přikryla a JUDr. Bohuslava Krause.

Mimo písemné památky jsou v archivu uloženy i fotografie, plakáty, pečetní typáře a razítka. Velkou chloubou je i filmový archiv.