Václav Cigán ze Slupska začal svou vládu podnětem městské radě, s ohledem na to, že právě převzal hospodaření, aby mu povolila šenkovat své zámecké pivo v hostincích svého panství bez ohledu na poškozování varečného a mílového práva města. Přenechání vaření piva na posledního vládnoucího Piasta - Bedřicha Kazimíra a jeho nástupce, bylo příčinou, že se obec ocitla ve velmi velikých dluzích. Tyto na menší městečko dosáhly pozoruhodné sumy 4.000 tolarů a měšťané si stěžovali, že dluh je den ze dne větší a dále nesnesitelný. Na snížení dluhů pronajali na 10 let šenkování vína z městského i vévodského šenku společenstvu, složeného z občanů města. Tito se spojili do cechu a nechali si potvrdit Janem Cigánem nařízení o šenkování roku 1590. Dle tohoto měl každý, který přispěl městské radě 50 tolarů, právo šenkovati víno, avšak nikoliv současně, ale jako člen cechu, jeden za druhým, sud o obsahu 10, 11 neb 12 kbelíků vyšenkovati během 14 dnů. Když však někdo vypůjčil obci násobek 50 tolarů, měl právo tolik řad, neb "pořádků" právo šenkovati víno. Po uplynutí deseti let měl být věřitelům dluh vrácen, v opačném případě zůstane příslušníkem cechu až do splnění závazku právo v pokračování šenkování. Na každý sud o obsahu 10 až 15 kbelíků, byla stanovena daň jednoho tolaru pro první rok a jeden Uherský zlaťák na následující léta. Za každý prodaný sud na venkov, musel být odveden do obecní pokladny jeden groš. Nadále bylo škodlivé a zhoubné půjčování peněz a to bylo pod trestem pět kop grošů zakázáno a každý jednotlivec měl právo sledovati stav dluhů. Stejně byly pod trestem kopy (60 ks.) grošů zakázány "snídaně a svačiny", aby muži nebyli lákáni do šenků a nezanedbávali svou práci. Zda tento "vinný regál" město později odvolalo, není známo.

      Město však ze své bývalé výšky sklouzávalo níže . čím větší mělo město starosti, tím více jeho nepřátelé zvyšovali své požadavky. Byli to noví osadníci různých stavovských statků v mílovém okruhu města. Pokud Fryštát náležel k vévodství Těšínskému, dostačovalo nové potvrzení privilegií a rozkaz knížete, aby donutil různé obce k odběru piva z města. Prodejem fryštátského panství se toto rozpadlo na několik stavovských statků, jejichž majitelé byli nyní sami "malými vévody" na svých statcích a půdě, kteří si přisvojovali knížecí regál - vrchnostenské právo. Za této situace se vedly dlouhodobé soudní procesy mezi magistrátem a šlechtickými majiteli panství, které byly nákladné a nepřinášely dobré výsledky. První takový proces probíhal proti Bernardu Barskému z Rychvaldu a Kašparu Weitschken (Vlčkovi) a dědicům, přičemž trval 10 let. Rozsudek byl vynesen vrchním hejtmanem Slezska roku 1595 a přiklonil se k městu. Každá strana si měla uhradit své soudní náklady.

      Mezitím se dostalo do Fryštátu německé reformační hnutí. Ještě za posledního Piasta - Bedřicha Kazimíra, mělo zde již své začátky. Tento vévoda prosil Jiřího II. z Břehu, aby se postaral o svého poddaného Jakuba Preisse a tento aby obdržel povolení ke kázání v Bílsku. Preiss skutečně působil od roku 1566 v Břehu a byl povolán za pastora do Fryštátu. Dle kupní smlouvy z jedné městské knihy byl již Jakub Preiss roku 1563 ve Fryštátě. Teprve 1568 byl tento ve Fryštátě uveden jako farář a jako takový roku 1582 zaznamenán. V roce 1577 Václav Cigán ze Slupska zemřel a jeho syn Mikuláš přislíbil na prosbu starosty, staré i nové obecní rady, fojta a přísežných, ponechati měšťany při své pravé křesťanské víře, kterou vyznávali po mnoha desetiletí a také jim dovolil svého faráře si voliti a jmenovati. Roku 1592 propůjčil Jan Cigán pekařům výsady, jejichž první odstavec zní: Zaprvé žádný mistr nesmí býti přijat do cechu, aniž by byl Augšpurského vyznání, které je v kostele a školách vyučováno, kázáno a také se během kázání nesmí chasa schovávati v pekárnách. Rovněž musí během služeb Božích zpívati, modliti se, poslouchati slovo Boží a vyčkávati až do konce mše, vše pod pokutou šesti grošů.

      Toto jsou jednotlivé písemné doklady o šíření protestantismu ve Fryštátě. Farář Opolský se zmiňuje ještě ve své kronice, že úpadek víry je všeobecný a že celé město přijalo nové učení. Roku 1569 byl protestanty postaven kostelem sv. Marka na Horním předměstí. Byl dřevěný, s malou věží a okolním hřbitovem. Rozšíříme-li poznatky Opolského na další Slezsko, (tento byl ve Fryštátě farářem teprve počátkem 19. století) a srovnáme je se starými písemnostmi, které již nejsou k dispozici, shledáme, že tyto odpovídají skutečnosti.

      Sedmnácté století způsobilo z města dokonalé ruiny. Dne 27. ledna 1617 vyhořelo město podruhé. Oheň vznikl v domě Daniela Boháče u Dolní Brány, vyhořelo město se zámkem, uchráněn byl pouze kostel. Boháč musel za svou nepozornost těžce pykati. Byl určen do vězení, ztratil veškeré své jmění a on i s příslušníky své rodiny byl zařazen do výkonu panské roboty.

      To však byl jen začátek neštěstí. V roce 1618 začala třicetiletá válka, která přinesla bídu a nevýslovné utrpení v naší zemi. Pomineme-li rušitele klidu - Jana Sedlnického, který byl roku 1577 fryštátskými občany zajat a který vévodovi Václavovi přislíbil, že opustí zemi, ale přesto se roku 1582 navrátil, aby přinesl městu další soužení, neočekávalo město nepřátele před svým opevněním. Ale přišly velké boje o náboženské smýšlení a přítel i nepřítel si počínal ve městě i vesnicích nelidsky. K tomu vypukla roku 1623 ve Slezsku epidemie moru, které padlo za oběť ve Fryštátě 1400 osob. Nemůžeme se proto diviti, že další doklady mluví o depopulaci (vylidňování města). V prvních válečných operacích vpadl do Slezska markrabí Jan Jiří z Brandenburgu a za ním hrabě Mannsfeld. V letech 1627 - 1642, během kterých země zůstala ušetřena nepřátelských nájezdů, trpěla však pod nátlakem císařských vojsk. V roce 1642 se objevily po příchodu Torstensonových vojsk na Moravu, také první úderné oddíly Švédů ve východním Slezsku. Po sestavení výpočtu válečné kontribuce (válečné daně) a dalších nákladů, které byly vyčísleny 31. prosince 1648, obdržel ubytovatel Wolfgang Riges v čase od 3. do 19. července 1642 tisíc dvě stě sedm říšských tolarů. Nedlouho potom přišli Švédové opět pod vedením plukovníka Reichwalda a město utrpělo opět škodu 6531 říšských tolarů. Z toho připadlo 329 říšských tolarů na zlaté a stříbrné předměty, peníze v hotovosti, oblečení a podobně, které měli občané až do odchodu plukovníka uschovány v bezpečí, ale po jeho rychlém návratu z Těšína mu vše padlo jako kořist do rukou. Doklad III. likviduje 909 říšských tolarů. Plukovník Hörtzky z Leobschütz vymohl na městě 1563 říšských tolarů a konečně roku 1647 ulovil Wittenberg se svou armádou ve městě a předměstích na movitém a hotovosti 15.434 říšských tolarů.

      Tak skoro vše co občané vlastnili, museli odevzdat, obilí, krávy, vepře, koně a 1342 ovcí připadlo Švédům, kostel byl vykraden, okolí zpustošeno. V celku ukořistili švédové dle této likvidace 46.830 říšských tolarů. Při tomto sestavení škod byla počítána 1 ovce za 1 říšský tolar, 1 kus hovězího dobytka za 6 říšských tolarů a 1 kůň za 12 říšských tolarů. I když k tomu nejsou připočteny císařské rekvizice, byla to suma, která musela přinésti městu nejvyšší nouzi.

      Když již Švédové odebrali občanům úplně vše, přišel císařský plukovník Dewaggi, jako poslední, aby město vydrancoval. V roce 1637 získal panství Fryštát koupí od Cigánů Karel Zdeněk Žampach a jeho manželka Jana Eusebie, rozená Haugwitzová z Biskupic. Tito potvrdili roku 1638 svým podaným v městě Fryštátě a v předměstích, všechna privilegia a svobody, o kterých se ve městě ztratily doklady. Karel Zdeněk Žampach brzy nato zemřel. Proto se již v roce 1645 obrátili občané na těšínskou kněžnu "milostivou vrchnost", Alžbětu Lukrecii s prosbou o intervenci v právní při s "Vaším milostivým pánem" plukovníkem Dewaggim. Spor vznikl při vymáhání dluhu, který vznikl fryštátským zásluhou právě zemřelého Karla Zdeňka Žampacha, dílem také za odebrané zboží a provedené práce řemeslníků, které byly odebrány manželkou Žampacha, případně byly pro ni vykonány.

      Protože fryštátští odkládali vyrovnání účtu, rozkázal plukovník Dewaggi bez ohledu na vinné a pivovárečné právo města, šenkovati své pivo a víno ve městě i vesnicích, ve městském pivovaru vařiti pivo na svůj účet, což uvedli úpěnlivými slovy občané ve svém dopise vévodkyni. Také uvedli, že město je poznamenáno válečnými stopami a neúnosným ubytováním, lidé jsou zcela chudí, takže nevědí, odkud by jediný groš vzíti mohli a ještě těch několik tisíc tolarů, které by měli splatit císaři, které vymáhal za válečné služby. Eliška Lukrecie požádala svým dopisem plukovníka Dewaggi, aby ponechal městu šenkování piva a vína. Kaufmann k tomu poznamenal ve svých dějinách města Těšína, že plukovník po tomto naléhání město Fryštát zažaloval před těšínskou městskou radou a bylo vyslechnuto více svědků. Dne 21. května 1647 zasedala v této záležitosti v Těšíně komise, ale výsledek této porady není znám.

      Po těchto strašných dnech byl Fryštát úplně zničen. Měšťané byli přivedeni na žebráckou hůl, mnoho domů bylo prázdných a jedno a půl století byly vzpomínány tyto doby s živým ohlasem a žal nad zhroucením kvetoucího obecního hospodářství měl stále hlasitý ohlas.

      V době od let 1627 - 1642, kdy Východní Slezsko bylo obsazeno císařskými vojsky, začala své dílo protireformace. Farní kostel ve městě, který ještě roku 1611 dostával dotaci od Jana Cigána ze Slupska pro kapli Marie - zvanou také Cigánovou a ve které se nacházela rodinná hrobka Cigánů, byl opět obsazen katolíky dne 6. října 1628. Přesto nemohlo být proti protestantům postupováno příliš přísně, protože až do roku 1648 bylo město tu a tam obsazeno Švédy. Proto zůstal ještě kostelík sv. Marka protestantům k vykonávání svých bohoslužeb. Teprve po uzavření vestválského míru postupovala protireformace bez ohledů. Dne 24. prosince 1653 byla k provedení protireformace nasazena na Těšínsko c. k. náboženská komise, která sestávala z fryštátského arcikněze Dr. Václava Otíka z Dobřan a c. k. podplukovníka Abrahama ze Steinkellerů. Od 26. března 1654 byly uzavřeny kostely ve Velkých Kunčicích, Polské Ostravě, Petřvaldě, Suché, Albrechticích, Stonavě a Karviné, od 14. dubna ve Fryštátě (kostelík sv. Marka), Petrovicích, Marklovicích a od 15. dubna nebyly užívány v Žibřidovicích, Malých Kunčicích a Pruchné. Ale jak vypráví reformační dějiny, byly mnohé bolesti a ponížení připisovány osobně Otíkovi. Přes všechny represálie se však nepodařilo protestantismus vymýtiti úplně, pro horlivost vyznavačů.

      Ještě roku 1671 byl ve Fryštátě jistý Františkán zneuctěn luteránem a dva roky předtím přistihl fryštátský vikář Jan Polivius jednoho kazatele v Ráji při udílení přijímání. Vikář chtěl kazateli vytrhnouti z ruky kalich, bylo mu v tom však lidem zabráněno. Protože Fryštát tvořil střed východněslezské protireformace, byl protestantismus důsledněji odstraňován než v Těšíně, Skočově a Bílsku.

      Během třicetileté války se měnili majitelé stavovského panství Fryštátu. Nejdříve je získal hrabě z Gašína (pozn. překladatele: s manželkou Benignou Haugwicovou), který je držel do roku 1730. V tomto roce zaznamenává městská kniha slavnostní přijetí nové vrchnosti, svobodného pána Františka Wolfganga ze Stechow. Ale již v roce 1742 byl uveden jako dědičný pán Fryštátu Martin von Wienzkowský, roku 1749 bylo město prodáno Mikuláši Taaffe, hraběti z Karlingfortu. Jeho syn Rudolf prodal panství roku 1792 hraběti Janu z Larisch-Mönnichů.

      Sto let později, po skončení třicetileté války, až po splacení dluhů za Marie Terezie, trpělo město nejvyšší nouzí. Příčinou byly požáry ve městě, epidemie moru, dlouhé náboženské války, možná i protireformace. Celé rodiny musely opustit město, nebo snad i vymřely, protože městská kniha uvádí v této době mnohé dary "zpustlých domů", to značí, nikdo jako dědic. Protože i z těchto zpustlých domů měly být odevzdávány daně městu i panství, musely být zvýšeny daně ostatním měšťanům. V tomto období bylo městečko postiženo také morem, který sem zavlekla a rozšířila císařská vojska, která zde procházela za doby Turecké války (1663-1664) a za uherských rebelií v letech 1666-1671. Stejně to bylo za obou slezských válek, které vedl pruský král Bedřich II. za získání Slezska a který neušetřil město od obsazení. Roku 1744 vystavilo město hraběti Baltazaru Josefu Vlčkovi, majiteli panství Ráj a Petrovice, dlužní úpis na 180 fl., které hrabě městu půjčil v "jeho nejvyšší nouzi k zmírnění stavu, který vznikl po nastoupení nepřátelského královského pruského komisariátu, když tento odvezl do Opavy veškeré potřeby a krmení, které si pruská generalita pod hrozbou vypálení města a hrozbou mečem zcela vážně vynutila". V jeho neštěstí je udržoval také drahý omyl, že po tři roky budou daňoví úředníci, kteří byli přidělováni z Hlohova, žíti ve městě na jeho útraty. Největší ztráty způsoboval městu stav, že nemohl v klidu vařiti pivo a využívati výsady šenkování vína, jediné možnosti příjmu, kterou ještě měli. Město odporovalo obvykle s úspěchem, ale proti nově způsobeným škodám nebyla poskytována náhrada. Roku 1669 odpověděl inspektor statku Německá Lutyně na podobnou stížnost obce výmluvou, že válečným důstojníkům v případě, že v krčmě není pivo, toto přenechává bezplatně. Roku 1688 nařídil Vratislavský biskup František Ludwig, aby se nebránilo městu v šenkování piva. Toto nařízení se dotýkalo zvláště Jáchyma Bludovského na Orlové, Tvardavě a Doubravě. S hrabětem Gašínem se soudilo město pro šenkovací právo v Mizerově a pro stavění rekrutů a odvodů koní. Roku 1752 to byl opět spor se svobodným pánem z Mattencloitu pro pivovárečné právo v Doubravě. Aby město odrazilo tyto útoky nepřátel, přistoupilo k propachtování svých práv. Muselo se tak stát v době, když už to bylo s financemi města velmi zlé. První pachtování bylo potvrzeno smlouvou z roku 1721. Pak následovaly další a roku 1774 propachtovalo město šenkovní právo v Orlové Arnoštu Leberechtu Bludovskému za 240 fl. "pro nouzi a ke splnění odvodu daní za leden a únor 1744, když už bylo městu vyhrožováno exekucí". Tento "status miserimus" - stav bídy byl ale vyvolán stavbou kasáren a pro proplácení stavby byl veden s hraběcím Taaffovským dominiem silný spor a mezi měšťany vzniklo mnoho nejasností.

      Stavba kasáren byla nařízena císařskou vládou, ale Fryštát toto nařízení pro svou chudobu nemohl uskutečnit. Pravděpodobně stavbu kasáren převzalo panství (dominium). Roku 1749 obdrželo panství od města darem zpustlou usedlost a brzy potom získalo ještě jeden dům koupí. Obojí bylo potom zařízeno na kasárna, ve kterých bylo potom možno ubytovat jednu setninu vojáků. Náklady na úpravu činily 3807 tolarů. Na úhradu vzniklého dluhu bylo pronajato vaření piva dominiu. Z tohoto pivního důchodu mělo být poukazováno 200 fl. na amortizaci zmíněných 3807 tolarů. Proti této úmluvě se odvolala výčepní společnost ve Fryštátě k zemskému staršímu do Těšína a roku 1752 se zde konal výslech stran. Výčepní společnost měla proti magistrátu námitku, že při propachtování nemělo město zájem o veřejný prospěch, ale že zastupovalo panství, protože se bálo, že ztratí z každé várky svůj půl kbelíku piva, proto také donutili občany k podpisu smlouvy při zavřených dveřích radnice a radničnímu sluhovi bylo zakázáno, že nikdo z občanů nesmí býti vpuštěn do radnice. Šenkovací společnost věděla o pachtýři, který byl ochoten nabídnouti o 300 fl. více. Krátce nato bylo skutečně právo vaření piva propachtováno (pronajato) čtyřem fryštátským měšťanům. Stížnosti na neschopnost magistrátu a následné finanční těžkosti, jak se zdá, nebyly bez opodstatnění, protože i Marie Terezie přísně nařídila všem magistrátům roku 1760, že ani představený obce nesmí být osvobozen od placení poplatků z propachtovaného pole.

      Nad vztahy k panství v této době se opět zamračilo sporem o jmenování právního rádce - syndika. Město označilo svého písaře Jana Karla Czakana, který byl současně výběrčí cla, poštovní doručovatel a pachtýř mýtného, neoprávněně za nezpůsobilého, i když byl znám svou pečlivostí. Czakan se proto obrátil na hraběcí taaffovskou zámeckou kancelář, která toto příkoří způsobené městskému písaři označila za svévolné a pohrozila pokutou 100 dukátů neb tělesným trestem a vybídla obecní úřad aby podle práva povolila písaři, aby se samostatně rozhodl prokázati své znalosti privilegií. Město tuto záležitost nechalo rozhodnout c. k. reprezentaci a komoru v Opavě. Ve své výměně dopisů upozornilo jejich advokáta Jana Františka Vettera v Opavě na to, že dle dosavadní zvyklosti byl městský písař pokaždé jmenován i propouštěn městem a že schválení nového městského písaře vrchností bylo jen formálním aktem, proto si myslí, že ví koho má zvoliti syndikem. Proti tomu uvádí druhá strana dvě rozhodnutí pána von Stechova, bývalého majitele Fryštátu, dle kterého se určitého dne dostavili všichni velko i maloměšťané na radnici a vyslovili veto při zvolení městského soudce a pokladníka městského magistrátu a přesto rozhodnutí vrchnosti potom přijali. Občané protestovali proti domněnce své podřízenosti, doposud však byl každý občan Fryštátu volný a mohl se i se svou rodinou kdekoliv přestěhovat. Obecní rada tentokrát svůj spor nevyhrála, protože jmenování městského syndika bylo i v jiných městech ponecháno vrchnosti. V důsledku tohoto sporu se vrchnost stavovského panství (hraběte Taaffe) rozhodla, že po renovaci magistrátu se nebudou žádosti rozhodovati na radnici, jak bývalo dříve, ale na zámku.

      Vedení městských záležitostí v tomto čase vykonával městský radní, který zastupoval měšťany, ale který mohl být vrchností odvolán a sesazen. Tato závislost byla způsobena malou důvěryhodností občanů k městským radním. Ve sporu o stavbě kasáren vystupovali měšťané proti městskému radnímu dokonce se žalobou. Tento také svůj úřad využíval ke svému prospěchu, o čemž obdržela zprávu i Marie Terezie. Hospodářské záležitosti podléhaly proto dohledu stavovskému panství. Roku 1756 hlásil hrabě Taaffe, že výtěžek z prodeje polí, rybníků s dubů leží bez užitku na radnici a neslouží k odpisu zástavního kapitálu.

      Že také ostatní města ve Slezsku byla hluboce zadlužena, zjistila ekonomická komise zřízená Marií Terezií, kterou ustanovila pro zlepšení a úpravu úpadků městských majetků. V archivu ministerstva vnitra ve Vídni se nalézá doklad, který se zabývá plánem snížení dluhů města Fryštátu. V prosinci roku 1756 činil stav dluhů města 8395 tolarů. Rok předtím obnášely dluhy přes 10.000 tolarů, přičemž rozdíl byl uhrazen právě výtěžkem prodaných polí, rybníků a dubů. Komunální příjmy, jako mýtné, prodej tabáku a obchod solí, městská váha, právo pivovárečné a vinný regál (právo šenkování vína), převedly současně s propachtováním polí obecní hospodářství do rovnováhy. Příjmy činily v roce 1756 již malý přebytek. Výlohy činily následující položky: Starosta obdržel 25 fl., radní 12 fl., syndikus 80 fl., dále pak 6 fl. ubytovacích výloh, účetní 35 fl., školní rektor 24 fl., varhaník 36 fl., údržbář hodin 5 fl. a 12 kr., radniční sluha 24 fl. atd.

      Změnu v obecním zřízení přinesl dvorní dekret císaře Josefa II. z 27. prosince 1786. Tento přinesl zrušení magistrátu a právní záležitosti byly převedeny na Taafovskou vrchnost. Ale již od roku 1792 se obrátili měšťané k císaři s prosbou o povolení znovuzřízení magistrátu. Měšťané byli schopni každé oběti a návrh finančního plánu pro rok vykazoval přebytek 1030 fl. Císař proto povolil městu vyžadovaný magistrát, s ročním vydáním 970 fl., z čehož obdržel starosta 100 fl., přezkoušený syndik 500 fl., tři z volených radních - každý 30 fl., dva kancelářští pracovníci po 100 fl. a soudní sluha 80 fl.

      Oživená činnost za Marie Terezie v oboru obchodu a řemesel se živě rozvíjela a Fryštát obdržel pro zvýšení obchodní činnosti roku 1750 právo konati ročně dva výroční trhy. Toto opatření přineslo do fryštátského okresu rozvoj pěstování ovcí z plemene Merino. Avšak k rozvoji soukenictví zde nedošlo, stejně jako v Těšíně. Také plátenictví, které kdysi ve Fryštátě, stejně jako v celém východním Slezsku vzkvétalo, časem zcela zaniklo. Další pokus, Fryštát přeměnit na obchodní středisko, také časem padl. Okolo roku 1800 zřídila zde určitá společnost továrnu na zpracování kůže, která také po svém zřízení byla zakrátko zrušena. Teprve jedno století později byla zavedena industrializace s úspěchem.